После «Мимимо» режиссеры снова вспомнили о Фрунзике, посыпались предложения о съемках. Он сыграл в музыкальной комедии «Багдасар разводится с женой», лирической драме «Солдат и слон», сказке «Приключения Али-бабы и сорока разбойников», комедии «Суета сует» и других фильмах.
Между тем болезнь Донары прогрессировала, и в начале 1980-х годов ее пришлось поместить в психиатрическую лечебницу. Фрунзик остался один с двумя детьми, но продолжал активно сниматься в кино и играть в театре, разрываясь между работой и семьей.
В середине 1980-х он женился еще раз, но брак оказался неудачным. Тогда же Мкртчян практически перестал сниматься в кино, а в начале 1990-х годов ушел из театра имени Сундукяна, которому отдал 35 лет своей жизни. Фрунзик решил создать собственный театр, но руководить им ему довелось недолго. Здоровье Мкртчяна было подорвано. Дочь Нунэ к тому времени вышла замуж и уехала с мужем в Аргентину, сын Вазген, как оказалось, унаследовал болезнь матери. В последние годы жизни актера поддерживал его младший брат.
Скончался Фрунзик Мкртчян 29 декабря 1993 года в Ереване от инфаркта в возрасте 63 лет, был похоронен в Пантеоне героев армянского духа. На родине актера, в Гюмри, ему установлен памятник.
